Hoe loonadministratie bijhouden in Nederland: De complete gids voor ondernemers in 2025

Maar hoe houd je de loonadministratie bij zonder stress, fouten of boetes? In deze gids leer je stap voor stap hoe je de loonadministratie efficiënt en correct kunt bijhouden in Nederland. Je leest alles over wettelijke vereisten, praktische tools en slimme strategieën om tijd te besparen en fouten te voorkomen.

Wat is loonadministratie precies? 

Loonadministratie is het proces, waarbij je alles vastlegt wat met het loon van je medewerkers te maken heeft. Er vallen verschillende taken onder dit proces:

• berekening van de salarissen;
• inhouden en afdragen van loonheffingen;
• verstrekken van loonstroken;
• indienen van loonaangiftes;
• bijhouden van arbeidsovereenkomsten;
• monitoren van gewerkte uren, verlof en ziekmeldingen.

In Nederland ben je als werkgever verplicht om deze taken goed en volledig uit te voeren. Natuurlijk voor de Belastingdienst, maar ook voor je medewerkers en je eigen bedrijfsvoering.

Welke documenten moet je voor de Belastingdienst bewaren?

Om volledig compliant te handelen ben je verplicht bepaalde documenten te bewaren. Volgens de Nederlandse wet is dit minimaal zeven jaar, maar soms langer. Door een digitaal personeelsdossier bij te houden, schakel je sneller en ben je up-to-date tijdens controles of conflicten op de werkvloer. Voorbeelden van documenten die je moet bewaren zijn:

• Arbeidsovereenkomsten - bewaar de contracten, inclusief eventuele bijlagen en addenda, ondertekend door stakeholders;
• Loonstroken - bewaar de loonstroken met daarop het nettoloon, brutoloon, de reserveringen en inhoudingen. De meeste tools genereren automatisch loonstroken met de juiste details;
• Verlofaanvragen en overzichten - het aantal wettelijke en bovenwettelijke vakantiedagen die werknemers opnemen en sparen moet je verplicht bijhouden;
• Loonheffingsverklaringen - deze formuliere nzij nnodig voor de correcte inhouding van belastingen en premies;
• Ziekmeldingen en verzuimdossiers - bij langdurige afwezigheid is het uiteraard verplicht om de Ziektewet te volgen, maar registreer ook ziekmeldingen, bedrijfsartsdossiers en eventuele reintegratiedossiers;
• Identiteitsbewijzen - bewaar kopieën van identiteitskaarten en paspoorten, die je opvraagt vóór de eerste werkdag;
• Urenregistraties - oproepkrachten, parttimers en medewerkers werken onregelmatige uren en die uren moet je bijhouden. Uiteraard heb je dit ook mee voor het juiste loon en eventuele overuren. 

Waarom is het belangrijk om de loonadministratie goed bij te houden?

Als je weet hoe loonadministratie bijhouden werkt én dit op de juiste manier doet, dan profiteer je van meerdere voordelen:

• Wettelijke naleving - voorkom boetes van de Belastingdienst, het UWV of de Arbeidsinspectie;
• Transparantie en vertrouwen - medewerkers waarderen een duidelijke loonstrook en stipte betaling, maar dit is ook essentieel voor betrokken instanties;
• Financieel inzicht - als je exact weet hoe wat je loonkosten zijn, dan kun je beter bijsturen en plannen;
• Efficiëntie en schaalbaarheid - een goede loonadministratie vormt de basis voor groei, bijvoorbeeld als je meerdere winkels of medewerkers hebt.

Wat als je fouten maakt in de loonadministratie?

Ondanks alle goede intenties is het mogelijk dat er foutjes in de loonadministratie sluipen. Vergeten premies, verkeerde lonen of een te laat ingediende loonaangifte: kleine foutjes, die grote gevolgen kunnen hebben. Dit zijn de belangrijkste risico's die je wilt mijden:

Boetes van de Belastingdienst

Een loonaangifte te laat indienen? Een fout in de berekening? De boete is zomaar onderweg:

• verzuimboetes voor het te laat indienen van de aangifte;
• vergrijpboetes bij nalatigheid of opzet;
• rente en naheffingen bij te lage afdracht van belasting of premies.

Aangiftes herstellen

Fouten die gecorrigeerd moeten worden in de aangifte loonadministratie? Dat vergt wat extra tijd en administratie. Herhaalde fouten geven mogelijk aanleiding tot een controle en dat wil je liever niet hebben als je niet goed bent voorbereid. 

Problemen bij conflicten of controles

Heb je fouten in je loonadministratie of missen er belangrijke gegevens? Dan sta je minder sterk bij:

• Conflicten op de werkvloer, waarbij je de loonafspraken moet aantonen;
• Controles door het UWV in geval van ziekte, ontslag of uitkeringen;
• Het aanvragen van subsidies of loonkostenvoordelen, zoals de LKV of de LIV.

Hoe combineer je loonadministratie met e-commerce?

Ben je een e-commerce ondernemer met een webshop, zoals met Shopify, dan moet je de personeelskosten koppelen aan je operationele processen. Dit doe je door:

• de urenregistratie te integreren met je POS-systemen of fulfilment software;
• je medewerkersplanning koppelen aan piekmomenten in bestellingen;
• loonkosten automatisch te rapporteren per productgroep of kanaal;
• ook bij je flexibele inhuur op foutloze wijze plaats te laten vinden.

Tools als Employes, HoorayHR, Exact Online of Loket.nl bieden koppelingen die geschikt zijn voor de Nederlandse webshops. 

Welke wetten zijn van toepassing op de loonadministratie?

Als Nederlands ondernemer heb je met behoorlijk wat wetten en regels te maken, vooral als je personeel hebt. De wet- en regelgeving bepaalt wát je moet doen, maar ook hoe je het moet doen. Dit zijn de belangrijkste wetten: 

Wet op de loonbelasting 1964

Deze wet gaat over de inhouding en afdracht van loonbelasting, premies volksverzekeringen, de inkomensafhankelijke bijdrage Zvw en pensioenpremies. Al is laatstgenomende tegenwoordig niet de standaard meer. Wat je moet doen volgens de wet:

• loonheffingen correct berekenen en inhouden;
• maandelijks loonaangifte doen bij de Belastingdienst;
• loonstroken en jaaropgaven correct opstellen;
• alle gegevens en aangiften minimaal zeven jaar bewaren. 

Wet arbeidsmarkt in balans (WAB)

De opbouw van het loon, het soort arbeidscontract en de WW-premies worden geregeld in de WAB. Deze wet heeft gevolgen voor werkgevers en werknemers:

• Vaste contracten kennen een lagere WW-premie dan tijdelijke;
• Oproepkrachten moeten minimaal vier dagen van tevoren worden ingeroosterd;
• Na 12 maanden oproepwerk moet je een contract met vaste uren aanbieden.

Wet minimumloon en minimumvakantiebijslag

Het is een verplichting voor werkgevers om minimaal het wettelijk minimumloon te betalen aan werknemers, naast de jaarlijkse 8% vakantiebijslag. Deze bedragen worden twee keer per jaar geïndexeerd, maar hoe voldoe je aan de wet?

• Controleer halfjaarlijks het actuele WML-tarief;
• Zorg dat je softwarepakket voor de loonadministratie automatisch update;
• Verwerk vakantiegeld apart op de loonstrook.

Let op: voor jongeren gelden andere regels, waaronder een lager minimumloon!

Algemene verordening gegevensbescherming (AVG)

De AVG is van toepassing op álle gegevens die je over werknemers verzamelt, zoals je BSN-nummer, ID-kopieën en looninformatie. Let op:

• Doe aan dataminimalisatie en bewaar alleen noodzakelijke gegevens;
• Scherm personeelsgegevens af voor onbevoegden;
• Genereer duidelijke privacyverklaringen en verwerkersovereenkomsten met je HR-software;
• Ga correct om met inzage- en verwijderverzoeken van medewerkers.

Stappenplan: hoe jouw loonadministratie bijhouden als Nederlandse ondernemer

Sta je op het punt je eerste medewerker aan te nemen of run je al een team? Dan weet je vast en zeker van de essentiële stappen voor een correcte loonadministratie:

[1] Aanmelden als werkgever bij de Belastingdienst

Neem je personeel aan, registreer je eerst als werkgever. Dit doe je met het formulier ‘Opgaaf startende werkgever’ door de volgende gegevens te delen met de Belastingdienst:

• een loonheffingennummer
• toegang tot het loonaangifteportaal
• de verplichting om periodiek aangifte te doen.

Doe dit ruim vóór de eerste werkdag van je medewerker.

[2] Verzamel de juiste werknemersgegevens

Voor elke medewerker heb je de volgende data nodig:

• een geldig identiteitsbewijs
• een ingevulde loonheffingsverklaring
• het BSN en adres
• een arbeidsovereenkomst
• bankrekening voor uitbetaling
• gegevens over de contractvorm (oproepbasis, tijdelijk, vast dienstverband, etc).

[3] Stel een arbeidsovereenkomst en loonstrook op

Een arbeidsovereenkomst moet altijd voldoen aan de wettelijke vereisten en dus altijd bepaalde kerngegevens bevatten, waaronder:

• het aantal uren per week
• het bruto uurloon of maandsalaris
• afspraken over vakantiegeld, vakantiedagen en de proeftijd
• opzegtermijn en de CAO, indien van toepassing.

Daarnaast moet je ook maandelijks een loonstrook verstrekken waarop staat:

• bruto- en nettoloon
• inhoudingen en premies
• reserveringen, zoals vakantiegeld
• gewerkte uren, bijvoorbeeld bij oproepkrachten.

[4] Kies het juiste loontijdvak en de betaaldatum

Veel ondernemers kiezen voor een maandelijkse uitbetaling, maar er zijn ook alternatieven, zoals vierwekelijkse of wekelijkse betalingen. Deze betaalvoorwaarden leg je vast in het arbeidscontract en communiceer je duidelijk naar je team, zodat ze weten wanneer ze het salaris kunnen verwachten.

[5] Bereken brutoloon, inhoudingen en nettoloon

Gebruik hiervoor een loonberekeningsprogramma of een salarisadministrateur. Houd rekening met:

• inkomstenbelasting (loonheffing)
• premies voor sociale verzekeringen (WW, ZW, WIA)
• pensioenpremies, indien van toepassing
• reiskostenvergoeding of toeslagen
• eventuele inhoudingen, zoals boetes of leningen.

Een correcte berekening is cruciaal. Fouten leiden tot naheffingen of boze medewerkers.

[6] Voer de loonaangifte uit

Elke maand doe je een digitale aangifte loonheffingen bij de Belastingdienst. Hierin geef je de volgende gegevens op:

• hoeveel loon je hebt uitbetaald;
• hoeveel belastingen en premies je hebt ingehouden;
• wat je moet afdragen.

Let op: betaal op tijd om rente en boetes te vermijden.

[7] Verstrek de loonstroken en jaaropgaven

Denk erom dat je:

• bij elke uitbetaling een loonstrook aan je medewerker moet geven;
• vóór 1 maart een jaaropgave moet inleveren;
• bij wijzigingen een correctie moet indienen via het loonaangifteportaal.

Tools en systemen om de loonadministratie bij te houden

De loonadministratie bijhouden is best een intensieve klus. Gelukkig zijn er verschillende manieren om het eenvoudiger te maken. Welke optie het beste aansluit bij jouw situatie, hangt af van je kennis, teamgrootte en je budget.

Handmatig loonadministratie bijhouden

Houd alles manueel bij in Excel of via formulieren.

Voordelen:

• goedkoop
• volledige controle

Nadelen:

• foutgevoelig
• tijdrovend
• je moet zelf op de hoogte blijven van regelgeving

Geschikt voor solopreneurs met één of twee medewerkers.

Loonsoftware gebruiken

De meest populaire tools voor je loonadministratie bijhouden zijn Loket.nl, Nmbrs, Exact Online, Employes en e-boekouden.nl

Voordelen:

• automatische berekening van loon en heffingen
• integratie met urenregistratie en verlof
• correcte loonstroken en jaaropgaven

Nadelen:

• leercurve
• maandelijkse licentiekosten

Geschikt voor webshops, winkels en ondernemers met een groeiend team.

Uitbesteden aan een boekhouder of payrollbedrijf

Je besteedt alles, of een deel, uit aan een expert.

Voordelen:

• geen stress over deadlines of fouten
• advies op maat
• compliance gegarandeerd

Nadelen:

• minder grip als je zelf geen toegang hebt
• hogere kosten

Geschikt voor ondernemers met weinig tijd of personeel op meerdere locaties.

HR & Personeelsbeheer

Naast de tools voor de salarisadministratie gebruik je ook HoorayHR of Personio om verlof, declaraties en documentenbeheer bij te houden.

Urenregistratie & koppeling met Shopify

De urenregistratie is een verplichting vanuit de Belastingdienst. Er zijn handige tools om dit eenvoudiger te maken, zoals TimeChimp, ClockedIn via Shopify of Toggle. 

5 tips voor een efficiënte loonadministratie

1 - Gebruik een gedeelde loonkalender

Door een gedeelde payrollkalender te gebruiken creëer je duidelijk. Hierin zet je:

• betaaldagen
• aangiftedeadlines
• verlofmomenten
• belangrijke feestdagen

Deel data via Google Calendar of een HR-tool, zoals Employes of HoorayHR.

2 - Automatiseer waar mogelijk

Gebruik software die veelzijdig is en:

• uren automatisch koppelt aan loonkosten
• meldingen geeft voor deadlines
• CAO-wijzigingen bijhoudt
• loonstroken en overeenkomsten genereert.

3 - Houd personeelsdossiers up-to-date

Zorg dat je per werknemer duidelijk alles op orde hebt en bij eventuele problemen de juiste documenten in een handomdraai op tafel tovert. Denk aan de volgende documenten:

• contract + bijlagen
• verlofaanvragen en ziekteverzuim
• salarisaanpassingen
• kopie ID en loonheffingsverklaring.

4 - Volg actualiteiten via betrouwbare bronnen

Volg updates en veranderingen in wet- en regelgeving via:

• Belastingdienst
• Rijksoverheid.nl 
• De branchevereniging
• Je salarisadministratiesoftware

5 - Vraag om feedback

Zorg dat de communicatie met je team optimaal is door een efficiënte feedbackloop te hanteren. Dit verhoogt de transparantie en het vertrouwen binnen het team:

• Begrijpt iedereen de loonstrook? 
• Mis je informatie over bonussen en inhoudingen?
• Klopt je verlofsaldo volgers jouw eigen administratie?